海北州境内有宁张、湟嘉、民门、岔察、峨祁5条国道、省道干线公路,沟通了省内、省外及城乡之间的联系,实现了乡乡通公路,29个乡通客运班车,初步形成了省和县、乡公路交通网络
祁连机场,位于青海省海北州祁连县的民用支线机场,因毗邻祁连山而得名。机场位于海拔3000米左右的阿柔地区。祁连机场为4C级高高原机场,可起降空中客车A319和波音B737-700型客机。
青藏铁路横穿海北州境南部海晏、刚察2县的湖滨地区,其中干线1条、支线3条,通车里程为490公里。青藏铁路承担了境内部分客货运输和热水煤矿、海湖沙场的大部分货运,是海北州整个交通运输体系的重要组成部分。2000年,国家恢复开通了海晏至西海镇39公里的铁路。